というか地方住民の民意なんて、それが正当な日本国民によるものであっても、国政問題の場合は無視され続けてきた（沖縄が最も良い例）
住民投票による民意なんて中央政府からしたら羽虫の鳴き声
仮に百歩譲って住民投票で領土問題がテーマになったとしても、中央政府は余裕で無視するでしょう

そもそも外国人がいるかいないか以前に自治体の住民投票で本当に国政が動いたらそれこそやばい