PCの場合自分のデータは普通デフォルトで空っぽのDドライブに入れるかと。
Cドライブしかない状態ならデータ用フォルダを作ってデスクトップにショートカットを置くか、あるいはデスクトップに直接データフォルダを作ってもいいし。

どこのフォルダに目的のファイルがあるのか、それが自分に一番よく分かるために自分流の階層構造を構築するわけで。その代わり他人が見たらわけわからんだろうけど。

どっちが管理しやすいかは好みの問題だと思う。
自分としては、アプリで管理してたらアプリを変えた時に混乱しそうだからOSレベルで管理するほうが安心感があるなぁ。