私の時代は得点調整がなくて選択科目で生じる差は完全に運だった。
偏見も含めて言うと、物理や化学の選択者は生物選択者より全体的に理科のアタマがいいと思う（生物は文系の人が高確率で選択する）ので平均点だけで揃えられても困る気がする。
医学部を除く理系で一番偏差値の高いのが理学部の物理学科じゃなかったっけ、少なくとも私の時代はそうだった。

てか入試制度をコロコロ変えるのが一番受験生を悩ませると思う。改革改革と言って何十年も前から数年おきに変わり続けてるんじゃないかな。