条文や判例は知らないけど、そういう程度で運用されてる。

義務教育というのは親が子どもに教育を受けさせる義務だよね。
「親は子どもが学校に行けるようになるよう努力」←努力してなければ義務教育の親の責務を果たしていない
「子どもに過度の負担にならない範囲で」←登校刺激が過度の負担になれば逆に心理的虐待になる
「登校を促す必要がある」←最初と同じ。促さずに放置は「義務」教育を果たしていない

不登校は仕方がないけど、本人が行きたくない時はそのままでいいと言うなら学校の先生だって家庭訪問やらする必要がなくなってどれほど楽だか。
私が語尾を「必要がある」と書いたのは、義務があると言えるほど明確な根拠規定を私は知らずに、あくまで運用レベルでしか認識していないから。
「行きたい時は行かせる義務がある」のは、間違いない。じゃあ行きたくない時は？
「学校に行かない自由」というのは、子ども視点の話でたしかに議論されてる。というのは、もしも「学校に行かない自由」が無いのであれば、義務教育は「子どもが学校に行く義務」になってしまう。
子どもを主語にした場合、「行かない自由」を否定することはできないだろう。ただし親を主語にした場合、「教育を受けさせる義務」が明確にあるから、受けやすい環境を整える義務がある。「促す」が「無理強い」になると困るけど、促しすらしなくなれば、「受けさせる義務」を果たしているとは言えない。
それは、義務を果たしていない親を処罰するということではなくて、子どもが教育を受ける権利を保障するという意味。世論はともかく法律論では、親を悪者にするためのルールじゃない。

もしかしたら文科省の局長通知レベルで取り扱いが書いてあるかもしれないけど、正直私はそこまで把握してない。ただ、実態としては私の言ったくらいで運用されてると思う。たまに、私の感覚ではやりすぎだと思うような強制登校レベルの事例も耳にするけど。

推定無罪ってのは犯罪の確証がないうちは犯罪をやっていないものとして扱う、ということだろう。
たとえば傷害罪について、AがBを傷つけたということが立証されない限り、Aは犯人としての扱いを受けない。
でも、親が子どもを虐待している可能性がある場合は、親を虐待者として扱うことはできないが、虐待の有無をしっかり確認し、子どもの権利を守る義務を自治体は持っている。親に「あなたは子どもを虐待してませんか？」と聞いて親が「してませんよ」と答えたら責任果たしたことに…ならないのは、幾多の事件で証明されてる。

著作権違反に関する法律の運用状況はまったく無関係。合法であるか違法であるかの判断で、違法とされたときに具体的にどう法律を「運用」するかはその法律による。道路交通法違反で法定速度を1キロオーバーしても警察に捕まらないが、麻薬取締法違反では麻薬を1ミリグラムでも持ってたら捕まる。